Dans le cadre de la mise en œuvre de ses projets, l’ANOCI fait de la transparence, un principe de gestion et de bonne gouvernance.
A cet effet, il a été mis en place un organe de pilotage stratégique : « le Conseil de Surveillance »qui est en charge de:

Le conseil de surveillance est composé des acteurs principaux de la bonne gouvernance :

L’Etat est représenté au Conseil par :

Le Président et le Directeur Exécutif de l’ANOCI 

Des membres du Gouvernement 

Des députés 

Des conseillers de la République 

Des ambassadeurs 

Un représentant de l’Agence pour la Promotion des Investissements et des Grands Travaux (APIX)

Un représentant de l’Agence Autonome des Travaux Routiers (AATR) 

Un représentant de la Délégation au Management Public (DMP).

 

La société civile est représentée par :

Quant au secteur privé, il est représenté par la Confédération Nationale du patronnat (CNP).

          
Dans l’exécution des procédures de gestion de ses activités quotidiennes, l’Agence est suivie par un Cabinet de renommée internationale (CICE/DELOITTE).
Ce dernier s’assure en temps réel de l’utilisation rationnelle des ressources financières mobilisées par l’ANOCI.
La réalisation des projets obéit aux règles définies dans le code des marchés publics du Sénégal. A cet effet, une Commission des marchés a été mise en place. Elle comprend, entre autres, un représentant du Contrôle financier et un représentant du Ministère de l’Economie et des Finances.
Tous les marchés font l’objet d’avis d’appels d’offre ou de manifestations d’intérêt, selon la nature des travaux à réaliser. Ces avis sont publiés dans des journaux nationaux et internationaux à grand tirage dans le respect des délais et des principes de concurrence. Le dépouillement de toutes les offres techniques et financières se fait en présence des soumissionnaires ou de leurs représentants. Les résultats de l’évaluation des offres sont présentés à chaque fois, au Conseil de Surveillance, qui les valide avant leur adoption par la Direction Exécutive. À cette occasion, les membres du Conseil passent au peigne fin tous les aspects techniques et financiers liés au projet. Les travaux sont sanctionnés par un communiqué de presse pour informer les citoyens.